深圳海關總轄大鵬海關及蛇口海關，關區號是一致的。（深圳海關關區包括深圳、惠州兩市）蛇口集裝箱碼頭與珠江流域和華南沿海各主要港口連為一體，開發支線和駁船運輸的條件得天獨厚。
  今天，蛇口集裝箱碼頭已經成功開發了往返蛇口與珠江三角洲的“珠三角公共駁船快線”，服務范圍涵蓋黃埔、順德、江門、中山、珠海、佛山等主要碼頭。目前蛇口“珠三角快線”駁船經營人有新柏鴻船務有限公司、水陸集運容奇有限公司、廣運船務有限公司、廈門鷺豐船務有限公司、浩達船務有限公司等，具體到哪個地區碼頭要看交通廳船舶批文上駁船公司有沒有申請這個服務。
  為安全起見，無論是有吊機的駁船，還是自航駁船，如果所裝集裝箱的總重量超過駁船載重量的百分之八十，蛇口集裝箱碼頭將拒絕裝船操作，海事處將會抽查，如果違規操作會有巨額罰款。蛇口港建設分一期工程（蛇口三突堤1#、2#泊位）、二期工程（3#、4#泊位），三期工程也正在規劃之中（5#號泊位也已經投入使用）。招商港務也位于蛇口港區，從事港口裝卸、貨運代理、陸路運輸拖運及駁船支線服務業務。SCT碼頭一直與招商港務在集裝箱泊位的使用上互相合作。